人类与“源核生命体”的战争最终以失败告终.超过半数的国家在战斗中消失.撕裂的大地，一切如同末日的景象——在位于太平洋上空，幸存国家合力所构建的城市“天空之城”中，神绮经营着自己的私人警备公司.某天她接到了一个神秘的护送任务，护送目标却意外逃走，在搜寻途中，一个自称拉斐尔的青年出现在她的面前…