KOF99的事件后,谜之秘密结社[NESTS]暴露其存在已过了一段日子了。但是自那时开始,NESTS好象隐蔽起没有举行类似活动,与NESTS对照,世界频繁发生恐怖活动事件,海顿等军事雇佣兵发现那些恐怖活动其实就是NESTS暗中安排策划的,KOF2001即将展开……