本作是魔法少女奈叶系列首次以男性角色为主角的作品。背景设定在新暦0081年（即《魔法少女奈叶StrikerS》的JS事件的6年之后，广播剧《魔法少女奈叶StrikerS Sound stage X》的玛利亚治事件的3年之后），独自一人周游世界的男主角托马·阿凡尼尔，在遗迹中与谜一般的少女莉莉·修特罗杰克相遇，之后二人又与艾希丝·伊古雷特偶然相遇；托马被卷入了包括「银十字之书」和「蚀」在内的一连串不幸的事件中……