《医神少年》讲的是在某个时代的欧洲，教会拥有极大的权力。少年巴斯因为被教会认定为「开膛手」，而遭到教会追杀。原因是因为他隶属的梅帝尔家，是历史悠久的家族，因为他们切开患者的身体动手术的医疗行为，是当时教会所不认同的医术，因此遭到追杀。巴斯的父亲已经遭到教会逮捕并处刑，但巴斯还在继续逃跑。在服侍梅帝尔家的罗莎莉找到巴斯之后，懦弱的巴斯便决定要继承家长的位置，并且继续行医！