2005年12月17日，数码兽漫画版再开连载。这次由滨崎达也当任剧本、冈野刚作画，数码兽次世代漫画于V-jump 2006年2月号开始连载，于2008年2月号（2007年12月发售）连载结束。 数码兽次世代讲述人类世界的一个擅长玩数码兽迷你机的男孩龙野剑与其伙伴们共同对抗大魔王巴尔巴兽的故事。龙野剑通过数码兽对战终端进入数码世界，第一次玩网络游戏的阿剑遇到了自己的暴龙兽。但是当他回到现实世界的时候，他被真正的古加兽攻击。在这时，他的数码兽迷你机开始发光了……