不知纪元的年代，彼时的地球处在战争时期，人类分成2个阵营，普洛斯和弥赛亚，出生在弥赛亚的天才少年萧宇申（以下简称萧）发明了战争机器（NOVA）改变了战争的局势，但是普洛斯的卧底使得这一发明泄露，并且改良了NOVA使得弥赛亚被普洛斯灭国，萧本人也沦为普洛斯的阶下囚，一次偶然的机会萧成功越狱，但是在逃跑途中被追杀，就在这个时候遇上了神秘少女XIYA……