西历2314年，危机再次造访。130年前就已无生命反应的废弃木星探测船开始接近地球圈，宣告著赌上人类存亡之战即将开始……战争中，天上人的钢弹尖兵剎那．F．塞耶进化為人类领航员－－变革者。在新的危机中，他将面对著自己进化的真正意义。究竟伊欧利亚计画的最终阶段与「最终决战」是什麼呢－－